煮沸常用，简便易行，适于少量水处理，大量水体灭菌成本太高。过滤的方法简单有效，但只是除菌而不是杀菌，常用的有砂滤、石棉滤板、纤维酯滤膜等。
紫外线适于小量水处理。无持续杀菌能力，由于紫外线消毒不添加任何化学物质、消毒效果好及不产生消毒副产物等优点而引起人们的重视。但是消毒后的水如果遇到新的污染源，会再次被污染，需与氯配合使用，浊度及水中悬浮物对紫外杀菌有较大影响，降低消毒效果。紫外灯套管容易结垢，影响紫外光的透出和杀菌效果，因此需要对套管进行定期的清洗以及采取表面降温措施来防止管垢的形成。
二、化学消毒，指用化学消毒剂进行水的消毒, 包括氯消毒剂，季铵盐类，以及新的过氧化氢 银离子复合型消毒剂
1、氯具有较强的渗透力，能穿透细胞壁进入细菌内部。氯对细菌的作用是破坏其酶系统，导致细菌死亡。主要特点：处理水量较大时，单位水体的处理费用较低；水体氯消毒后能长时间地保持一定数量的余氯，从而具有持续消毒能力；氯消毒历史较长，经验较多，是一种比较成熟的消毒方法。
缺点：氯是剧毒危险品，存储氯气的钢瓶属高压容器，有潜在威胁。人们发现饮用水氯消毒后，水中含有具有致畸、致癌、致突变的THMs等有害消毒副产物。随着对THMs危害性研究的深入，引起了对其它消毒副产物的研究。
2、二氧化氯的杀菌消毒作用：二氧化氯作饮用水消毒剂，从消毒的效果、消毒安全性、口感及嗅和味方面来看，优于氯消毒，二氧化氯的持续消毒能力强，它的水溶液很稳定，尤其在低浓度时更突出。二氧化氯在管网中能够保持稳定的残量，控制细菌、病毒、藻类等微生物的再度繁殖，二氧化氯还能分解残留的细胞结构，控制粘泥和生物的积聚，使微生物缺乏繁殖生长的条件和环境。
缺点由于二氧化氯性质非常活泼，无论气态或液态常会由于未知原因而发生爆炸，其储存运输也较困难，一般要采用现场制备的使用方式，这在一定程度上阻碍了其推广应用。
3、臭氧消毒：臭氧不稳定，不能贮存，故只能现场制造和应用。臭氧消毒的优点在于它能高速和高效地杀灭病菌和病毒，消除囊孢。此外，它能氧化许多种化合物，而且臭氧分解后的产物是氧。消毒作用在很宽的温度和pH值范围内有效。
缺点作用完后会残留溴酸盐，没有持续的剩余消毒作用。臭氧是有毒气体过量会使人的呼吸系统出现障碍，这就要求密封使用使人不在臭氧过量的环境中停留过长时间。
4、作为新一代的生态型消毒剂。奥克泰士被认为是纯净的杀菌，消毒，防腐剂，目前已广泛应用于国内上百家食品企业，国内大部分的饮用水企业。奥克泰士在处理饮用水消毒灭菌方面有非常强的优势。
奥克泰士—德国原装进口，食品级过氧化氢银子复合型溶剂，具有无色无味、无毒无残留、无腐蚀性，无耐药性的特性，杀菌率大于99.999%，产品经过欧盟EMAS检测认证、IFS食品标准检测认证、ISO9001\ISO14001管理体系认证、德国莱茵TUV认证等。
奥克泰士能够杀灭包括：大肠杆菌，铜绿假单胞菌，金黄色葡萄球菌、嗜热链球菌、保加利亚杆菌，粪肠球菌，绿脓杆菌，产气荚膜梭菌，乳微细菌、芽孢菌，产碱杆菌，霉菌，病毒、链球菌等200多种细菌。
它可以穿透细胞膜，从内部进行氧化，从而杀死生物膜并使其脱落，可以清除供水系统中已有的生物膜并抑制其不再生成，同时杀灭水中的所有细菌，切断铜绿假单胞菌通过饮用水对人的影响，持久保持水质无菌，产品高效广谱、无残留、绿色安全。
因的杀菌消毒效果，配合水厂的水箱、水罐、主供水道、分支管等方面进行彻底去污、洗洁、消毒，可达到饮用水生产企业消毒灭菌的要求，提高水的品质。保证饮用水成品、饮用水源水、管道内壁、空瓶、瓶盖等卫生安全及控制微生物、絮状物、等质量问题，延长产品保质。近年来深受各大饮用水生产企业的青睐
